Promjenama koje su vršili u vojnoj, administrativno-upravnoj, sudskoj i finansijskoj oblasti sultani i Porta su nastojali modernizirati carevinu i društvo, ali istovremeno Bosanski ejalet čvršće vezati za centralnu valst, u čemu su nailazili na odlučno suprotstavljanje Bošnjaka. U tom pogledu u povijesti Bosne i Hercegovine 19. stoljeća postoje tri faze:
1. prva faza počinje vladavinom Selima III (1789.-1807.) i traje do 1851. godine,
2. druga faza traje od 1851. do 1878. godine i
3. treća faza traje od austro-ugarske okupacije 1878. do 1918. godine.
Prva se faza odlikuje željom i htijenjem da se u Bosni po svaku cijenu zadrže stari odnosi i instrukcije. To je doba u kome se preplijeću anarhija, bune i borbe. Osim pobune Husein kapetana Gradaščevića, bune dižu i drugi ajani i kapetani. Tako 1833. godine bunu diže bihaćki kapetan Muhamed beg Biščević. Godine 1836. dolazi do pobune u Hlivnu i Posavini, a pobunjenicima se priključila i Krajina. Ovaj pokret je imao ambiciju da preraste u sveopći pokret Bošnjaka. Za pokret su bili i Gradačac, Brčko, Bijeljina, Tuzla i Zvornik. Valija je prikupio veliku vojsku i u tri bitke kod Vranduka, Orahovice i Golubinja je porazio pobunjenike. Sada su se Osmanlije nemilosrdno razračunali sa pobunjenicima, a oni koji su iskazivali lojalnost Porti morali su staviti fesove na glave. Do nove pobune dolazi 1837. godine. Sada su se pobunili mutesellimi Bihaća, Krupe, Bužima i ostrožački kapetan Murat beg Beširević. Razlozi pobune Bošnjaka bili su visoki porezi, globe i nasilničko ponašanje vojske. Uz gušenje pobuna Osmani su uklanjali stare bošnjačke porodice ajana, kapetana i mutesellima.
Godine 1840. nastaje u Sarajevu pokret kome se pridružuju Visoko i Fojnica, poznat kao Glođina buna. Suština pokreta sastojala se u činjenici da su Sarajlije odbijali da šalju svoje sinove u nizamske redove. Pobunjeničku vojsku od 20.000 ljudi pobijedila je vezirska vojska zahvaljujući artiljeriji i albanskim plaćenicima kod Viteza.
Kada je vezir 1843. godine počeo ubirati porez u Krajini, kupiti mladiće u vojsku i naredio oduzimanje oružja od muslimana dolazi do nove pobune, koja je obuhvatila 14 gradova sa centrom u Bužimu. U ljeto se sukobi iz bihaćkog proširuju i na banjalučki kraj. Ovi nemiri bili su razlog za smjenu vezira zbog njegove samovolje pri vladanju. Kada je 1846. godine izašla sultanska naredba da svi mutesellimi moraju nositi fes, došlo je do ustanka u Bosanskoj krajini na čelu sa bihaćkim kadijom Mehmed begom Rustanbegovićem. Pokret je dobio široke razmjere i više naoružanih ljudi brzo su zauzeli Bosanski Novi, Prijedor i Kozarac, približivši se Banjoj Luci. Kada su ustanici sa 12.000 boraca postali opasnost i za sam Travnik dolazi do bitke kod Sitnice 9. novembra 1846. godine. Pobijedile su sultanove jedinice zahvaljujući artiljeriji. Iako narod nije bio zadovoljan reformskim mjerama kao što su mješovita sudska vijeća, zabrana nošenja oružja na javnim mjestima, regrutacija, obaveze roditelja da šalju djecu u školu, uniforme za činovnike i savjetodavno vijeće u koje su ulazili pored muslimana i hrišćani i Jevreji, ipak otvorenih sukoba i nemira nije više bilo.
Tahir paša u Bosni i Hercegovini
Da bi efikasno provodila reforme u Bosni Porta šalje za vezira Tahir pašu, obrazovana čovjeka koji je znao domaći jezk, a bio je strog i surov. On se u Bosni susreće sa kmetovima nezadovoljnim porezima, davanjima i ukupnim pnašanjem vlasti, a begovi i slobodni seljaci su bili nezadovoljni regrutacijom i strogošću kod ubiranja državnih prihoda. Zbog općih refleksija revolucije u Evropi 1848. godine Porta, i pored primjedbi Austrije, odobrava namjesnikove mjere mobilizacije. Bosansko plemstvo s nepovjerenjem prihvata mobilizaciju, regrutaciju, naoružavanje i ukidanje beglučenja. Kada vezir naređuje ubiranje desetine u korist države dolazi do bune među muslimanima Krajine. Buna je počela 6. jula 1849. godine u Vrnograču i ubrzo se proširila na Cazin, Todorovo, Veliku i Malu Kladušu, Jezero, Podzir, Krupu i Otoku, pod vođstvom dizdara Cerića, Alage Rizvića i Ale Kedića. Za dvije sedmice pokret je narastao na 12.000 pobunjenika koji su krenuli na Bihać. Pregovori o miru nisu davali nikakvih rezultata pošto su pobunjenici pored smjene mutesellima tražili i ukidanje desetine. Iako naoružan artiljerijom i sa 8.500 vojnika Tahir paša u septembru 1849. godine nije uspio poraziti pobunjenike u bitki kod Bihaća. Uslijed pogoršanoga zdravstvenog stanja i kuge u vojsci, on se vratio u Travnik. Tako pobunjenici u martu 1850. godine zauzimaju Bihać i uz solidarnost građana izgone iz grada posadu od 700-800 Albanaca. Većina mutesellima u Bosni daje podršku pobunjenim Krajišnicima. Zbog pobuna, kako muslimana tako i hrišćana, valija svoje posade zatvara u gradove i traži od Porte da mu pošalje pojačanje.
Nezadovoljna stalnim pobunama i otporima provođenja tanzimata Porta 1850. godine u Bosanski ejalet upućuje vojne snage sa Omer pašom Latasom (1806.-1872.), Srbinom rodom iz Like koji je primio islam, muširom (maršalom) i specijalistom za ugušivanje ustanka u provincijama. Na putu iz Monastira (Bitolja) on guši pobunu u niškom kraju, a u Sarajevo sa malo vojske i sultanskim fermanom stiže 4. augusta 1850. godine. Pošto iskuplja većinu poznatijih bosanskih uglednika, na sarajevskoj musali pročitao im je sultanov ferman o reformama. Nakon toga većinu bosanskih prvaka pušta kućama tražeći od njih bezuvjetno provođenje Portinih zahtjeva u praksi. Međutim, ponovo dolazi do pobuna u Bosanskoj krajini, Posavini, Hercegovini i srednjoj Bosni. Energičnim nastupom Omer paša je uspio savladati otpor, zarobiti vođe buna među kojima i čuvenog Ali pašu Rizvanbegovića. U dvadesetak manjih i većih bitaka sa Latasovom vojskom poginulo je oko 2.500 Bošnjaka. Zarobljenici, istaknuti prvaci, bili su izloženi poniženjima, 154 ih je otpremljeno na suđenje u Istanbul, a slučajnim ubistvom Omer paša se oslobodio i Ali paše Rizvanbegovića. Likvidiravši pokret otpora i ugušivši sve pobune Bošnjaka, Omer paša se orkeće hrišćanskom stanovništvu koje mu je pomagalo protiv muslimana. Mada mu je fra Ivan Frano Jukić posvetio drugu knjigu Bosanskog prijatelja 1851. godine, njega Omer paša šalje u progonstvo, a od hrišćana umjesto isplate visokih računa za komoru u gušenju pobune muslimana, zatražio je predaju oružja. To je izazvalo pokret hrišćana u Hercegovni iste 1851. godine. Slomivši otpor bosanskih muslimana, Omer paša je prvi put dobio mogućnost da izvrši regrutaciju Bošnjaka u nizamsku vojsku. On vrši administrativne i personalne promjene u Bosanskom ejaletu.
Već u januaru 1851. godine Omer paša sandžake pretvara u kajmekamluke, a umjesto ranijih nahija oformio je mudirluke. Tadašnjim teritorijalnim promjenama konačno je formiran Novopazarski sandžak kao zasebna jedinica. Na funkcije Omer paša postavlja strance umjesto Bošnjaka. On premješta sjedište valije – vezira iz Travnika u Sarajevo i ponovo pripaja Hercegovinu Bosni u statusu kajmekamluka, tako da je Ejalet sačinjavalo sedam kajmekamluka Sarajevo, Travnik, Banja Luka, Bihać, Zvornik, Hercegovina i Novi Pazar. Takva podjela ostat će sve do pred kraj osmanske uprave.
Porta je preko Omer paše Latasa ukinula u Bosni spahijski sistem, esnafsku organizaciju i konačno je slomila politički otpor bosanskih begova, ajana, mutesellima i kapetana i sahranila je njihova dugogodišnja nastojanja da u Bosni osiguraju autonomiju u kojoj bi ovi imali dominantnu ulogu. Potiskivanje Bošnjaka sa javne scene, koje je započeto početkom 19. stoljeća, a doživjelo kulminaciju sa Omer pašom, te promocija stranaca u Bosanskom ejaletu poznata pod imenom Turkuša, bili su razlozi nezadovoljstva domaćeg stanovništva podanikom sultanove vlasti.
