Kapetanije su manji,tačno ograničeni teritoriji,koje su u prvo vrijeme bile uglavnom instalirane uz pogranične dijelove carstva.
Kapetanije su bile vojno organizovane institucije a na čelu svake nalazio se kapetan.
U svakoj utvrđenoj kapetaniji nalazio se grad,jedna kula a u nekim i čardak.
Postojale su kapetanije koje su bile formirane u unutrašnjosti a njihova uloga je bila čuvanje puteva od drumskih razbojnika,te hajduka
i uskoka.Ime kapetanije bilo je,uglavnom,vezano za grad u kojem se kapetanija nalazila.
Ranije u historiografiji je bilo zastupljeno mišljenje da je ova institucija karakteristična i jedinstvrna za Bosanski ejalet,što je
svakako pogrešna konstatacija,jer su kapetanije formirane širom cijelog carstva.Ipak kapetanije,njihova uloga i znacaj do punog
izražaja došle su upravo u Bosanskom ejaletu.Prvi sigurni spomen kapetanija seže iz tridesetih godina šesnaestog stoljeca,tačnije
iz 1535.god.Riječ je o Gradiškoj kapetaniji na ćijem se čelu nalazio izvjeni Dzafer beg kapetan.Što se tice broja kapetanija,on je
varirao kroz historiju,o čijim čemo brojkama kasnije govoriti.Kada je rijeć o autorima koji su obradivali ovu temu prvenstveno
moramo spomenuti Sarajliju Hamdiju Kreševljakovia.Krešavljakovic je u prvom tomu svojih “Izabranih djela” dao sveobuhvatni
opis institucije kapetanija.Znatan doprinos proućavanju ove teme dao je i profesor Filozofskog fakulteta u Sarajevu,dr.Enes Pelidija.
Osnivanje kapetanija je slijedilo,uglavnom,neposredno nakon osvajanja odredenog grada,za koji se ustanovilo da je potrebno formirati
vojnu liniju.Slabljenjem klasićnih osmanskih institucija seže sa kraja šesnaestog stolječa,te shodno s tim,takva situacija u naredna
dva stoljeca pogodit če i kapetanije,ali ipak za Bosanski ejalet one su bile glavni element u odbrani granica carstva.Več je navedeno
da je broj kapetanija varirao,jedan od rijetkih podataka seže iz 1829.god.u kojem se tacno spominje 39 kapetanija.
Kao što je ranije spomenuto,kapetanije u Bosanskom ejaletu odigrale su poseban znaćaj.Ta ćinjenica je posebno došla do izražaja nakon
Karlovackog mira 1699.god.kada se ejalet našao u defanzivnoj ulogi.U tom momentu kapetanije su bile odbrambeni bedem najzapadnije granice
carstva ciji je zadatak bio da sprijeci nasrtaje Venecije i Austrije prvenstveno.
apetiti neprijatelja mnogo veči.U skladu sa tim odmah je pristupljeno izgradnji novih kapetanija,saniranju i rekonstrkciji već postoječih
tako da je od Karlovackog (1699.god) do Požerevackog mira (1718) formirano pored postojećih još trinaest kapetanija,sve duž granica.
Važnost kapetanija oćituje se i ranije u sedamnaestom stoljecu tako da je od 1606.god do 1690.god.osnovano 29 kapetanija,i to šest u
unutrašnjosti i dvadesettri duž granica.U osamnaestom stoljecu kapetane susrećemo kao politicke faktore,a ranije su obavljali samo
vojnu,kapetansku dužnost što je zasigurno jedan od faktora slabljena kapetanija.Takode na opadanje moči ove važne vojne institucije
uzrokovala je i korumpiranost pojedinih kapetana.U raznim beratima spoinju se mnogobrojni vojni rodovi koji su vršili svoju vojnu dužnost
po kapetanijama a navest cemo neke ; farisi (konjanici), azapi (stražari), mustahfizi (gradski čuvari), džebelije (oklopnici).
Pored navedenih vojnih redova,svoju ulogu u instituciji kapetanija odigrali su i martolosi,a vojni redovi dijelili su se na ode ili buljake.
Najpoznatije kapetanske porodice svakako su Gradašcevići,zatim Rizvanbegoviće,Kapetanovići.
Agalukom se nazivala na kapetanijski način organizirana jedinica, a sastajala se samo od jednog džemata vojnika s agom na čelu. Ti vojnici su bili ili konjanici ili stražari (azapi). Neki su agaluci po potrebi pretvarani u kapetanije.
Dakle institucija kapetanija odigrala je ogromnu ulogu u historiji Osmanske Bosne.To se posebno reflektovalo kao što sam več naveo u kriznim periodima,kao što je period nakon Bečkog rata.Ono što je interesantno za XVIII st.jeste podatak koji govori o tome da je bilo kapetanija koje su zasebno djelovale,jer u tom periodu glavni teret odbrane od kršćanskog zapada bio je na domačem stanovništvu odnosno kapetanijama.Bilo je takođe slućajeva kada bih se više kapetanije tako rečeno organizovale jedan vid odbrambene formacije,te se na neki naćin “stapale” u jednu,što je zaista predstavljalo bedem za ofanzivne napade Mlećana i Ugara.