Malgré sa petite superficie, la Bosnie a une histoire très riche. Elle fut jadis le centre-moteur du grand territoire de l'Illyrie. Avant l'arrivée des Slaves au 6e siècle, elle a fait partie du Royaume des Ostrogoths, peuple germanique. Lorsque les Slaves s'installent en Bosnie, ils se mélangent avec les populations autochtones et répandent largement leur langue dans la région (le slavon). Comme le démontrent les études génétiques, les Bosniaques ont donc des origines surtout illyriennes, mais également goths et slaves même s'ils sont aujourd'hui plutôt catégorisés comme Slaves du Sud.
Les territoires peuplés par les Slaves vont former différentes Sklavinies (régions autonomes). Celle située sur le territoire de l'actuelle Bosnie sera d'abord vassale de l'Empire byzantin et ensuite du Royaume de Hongrie. C'est le ban Kulin qui va donner une véritable indépendance à la Bosnie durant son règne de 1180 à 1204. Kulin va permettre la propagation de l'hérésie patarine dans son État et s'y convertira lui-même. Les adeptes de cette religion feront partie de l'Église bosnienne et se nommeront eux-même par « chrétiens » (krstjani). La grande majorité de la population sera d'ailleurs de religion patarine.
Les bans se succèderont en Bosnie jusqu'à ce que Tvrtko Ier de la dynastie Kotromanić étende sérieusement son territoire et devienne roi. Il se fait couronner en 1377 en tant que Roi de Bosnie et son État devient un des plus prospères de la région. La plupart des souverains bosniaques étaient officiellement catholiques, mais certains d'entre-eux étaient patarins. Presque tous les souverains catholiques avaient des sympathies pour la religion patarine et il semble que certains y adhéraient sans que le Pape en ait connaissance. Cependant, le dernier roi bosniaque, Stjepan (Étienne) Tomašević va persécuter sa population patarine sous les ordres du Pape. Le Royaume de Bosnie va tomber aux mains des Ottomans en 1463.
La grande majorité des patarins vont se convertir à l'islam durant cette occupation puisqu'ils verront les Ottomans comme des « sauveurs » qui ont empêché Tomašević de les chasser complètement, mais également à cause de la ressemblance de certaines doctrines du patarinisme et de l'islam. Durant leur règne, les Ottomans font massivement venir en Bosnie des Valaques de religion orthodoxe comme force de travail. C'est ainsi que s'implante la religion orthodoxe en Bosnie alors qu'elle n'était que très peu présente avant l'arrivée des Ottomans. Au 19e siècle, en pleine période de montée des nationalismes, les orthodoxes de Bosnie vont se faire « serbiser » par l'Église orthodoxe alors que les catholiques vont se faire « croatiser ».
Déjà à cette époque, les pays voisins avaient un plan machiavélique en tête: séparer la Bosnie en deux et prendre chacun son morceau. Seuls les musulmans restent Bosniaques et permettent à leur pays de continuer d'exister. Au 20e siècle, la Bosnie se fait annexer par l'Autriche-Hongrie. Cette dernière fait ajouter « Herzégovine » au nom du pays pour une raison obscure, ce qui fait que la région s'appelle « Bosnie-Herzégovine » depuis cette époque. Après la 1ère Guerre mondiale, la Bosnie se retrouve dans le Royaume de Yougoslavie puis dans la Yougoslavie communiste sans le consentement des Bosniaques. Cette période peut être comparée à une occupation, car les Bosniaques y étaient des citoyens de seconde zone. Ils n'avaient plus le droit de s'appeler par « Bosniaques », mais le président Josip Broz Tito leur donna droit au nom national discriminatoire « Musulmans », au grand mécontentement des intellectuels bosniaques qui acceptèrent tout de même cela comme solution provisoire.
La Bosnie obtient finalement de nouveau son indépendance en 1992, après cinq longs siècles de diverses occupations étrangères. Le président Alija Izetbegović organise un référendum qui obtiendra 99% de « Oui » et son pays se fera rapidement reconnaître à l'ONU par la communauté internationale. Cependant, la Yougoslavie (Serbie), mécontente de ce résultat va dès 1992 agresser la République de Bosnie-Herzégovine démocratiquement indépendante et ce, à l'aide des Serbes (Valaques) de Bosnie qui vont commettre un génocide et un nettoyage ethnique contre les Bosniaques durant les trois longues années de guerre. Heureusement, l'Armée de la République de Bosnie-Herzégovine va réussir à maintenir l'intégrité territoriale de son pays.
Aujourd'hui la composition ethnique du pays ressemble à ceci:
53% Bosniaques
31% Serbes
14% Croates
2% Autres
Les Bosniaques, qui sont en très grande majorité de religion musulmane, ont repris pour symbole le blason fleurdelysé du Roi Tvrtko, qui était d'ailleurs présent sur le premier drapeau de la République, avant d'être changé en 1998.
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